- 中央館:図書書庫1層 (147)
- 中央館:閉架書庫1(図書) (81)
- 中央館3F:参考 (73)
- 経済分館(別置S棟) (62)
- 医学分館書庫:2層(図書) (28)
- 教育学部 (22)
- 経済分館書庫 (19)
- 経済分館(2F開架) (18)
- 経済分館参考 (17)
- 中央館:閉架書庫1(旧師範) (14)
- 医学分館2F:参考 (13)
- 経済分館書庫3層:高商洋図書 (10)
- 経済学部 (8)
- 中央館2F:開架 (7)
- 大学教育イノベーションセンター(教育開発推進機構) (7)
- 工学部 (7)
- 環境科学部 (7)
- 中央館:図書書庫1層(大型資料) (5)
- 経済分館(語学) (5)
- 旧部局 (5)
- 中央館事務部 (4)
- 経済分館書庫2層:初期学部和図書 (4)
- 中央館2F:留学生 (3)
- ICT基盤センター (3)
- 経済分館(集密書庫) (3)
- 工学部情報システム工学科 (3)
- 水産学部 (3)
- 医学解剖二(肉眼解剖学) (3)
- 中央館2F:多文化 (2)
- 中央館:閉架書庫1(大型) (2)
- 中央館:閉架書庫1(日蘭文庫) (2)
- 中央館:図書書庫4層 (2)
- 原資料調査室(原研情報室) (2)
- 多文化社会学部 (2)
- 保健医療推進センター (2)
- 医学共同図書室 (2)
- 医学分館2F:語学 (2)
- 熱ミュージアム (2)
- 核兵器廃絶研究センター (2)
- 中央館2F:語学 (1)
- 中央館2F:古写真資料室 (1)
- 中央館:閉架書庫1(特大) (1)
- 中央館:閉架書庫1(参考) (1)
- 中央館:図書書庫2層 (1)
- 中央館:図書書庫3層(文庫・新書) (1)
- 中央館:図書書庫3層 (1)
- 留学生教育・支援センター (1)
- 経済分館貴重(武藤文庫) (1)
- 経済分館書庫2層:高商和図書 (1)
- 経済東南アジア研究所(東南アジア文庫) (1)
- 医学分館1F:グビロが丘文庫1 (1)
- 医学分館1F:グビロが丘文庫2 (1)
- 医学分館書庫:2層(AV) (1)
- 医学臨床検査医学 (1)
- 国立病院機構長崎医療センター (1)
- 薬学部図書室 (1)
- 中央館調査中 (1)